El saneamiento descentralizado es la recolección segura de aguas residuales para el tratamiento en sitio controlado; es la opción ideal para comunidades rurales y dispersas donde no existen redes de drenaje ni tratamiento de aguas residuales.

Aunque en la microcuenca del río San Juan algunas comunidades cuentan con red de drenaje y fosas sépticas, las aguas residuales (AR) son descargadas al medio ambiente sin tratamiento alguno ante la falta de infraestructura para este proceso. Una de las razones de lo anterior es la topografía del municipio, pues al ser muy accidentada, la infraestructura convencional para llevar este servicio resulta altamente costosa.

Ante esta situación, se han iniciado acciones de saneamiento descentralizado que se adaptan al contexto de la microcuenca. Se trata de sistemas que utilizan redes de drenaje simplificado (menor tamaño), infraestructura para el tratamiento de residuales a pequeña escala (local) y que no requieren equipos electromecánicos o electricidad porque funcionan por gravedad. Además, el residual tratado que se genera es reutilizado para la producción agrícola de forma segura y controlada.

Todos los sistemas son de fácil operación y mantenimiento, por lo que no necesitan de capacidades especializadas ni grandes cantidades de recursos. El saneamiento descentralizado proporciona una vida digna para los habitantes de las comunidades, impulsa la economía circular y la sostenibilidad.